Sezonul 7, episodul 4, „Millennium”, difuzat pe 28 noiembrie 1999, a adus prima sărutare a agenților Fox Mulder (David Duchovny) și Dana Scully (Gillian Anderson). Într-un spital, după noaptea de Anul Nou, Mulder și Scully se apropie și se sărută fără fanfare și fără comentariu, într-un moment în care se află în mijlocul unui crossover cu serialul „Millennium”. Acest episod a fost considerat cea mai ambițioasă instalare a seriei și a rupt tendința de șase ani de a nu defini relația lor. Potrivit Collider, reacția fanii a fost una de dezamăgire, deoarece lipsa de comentariu a făcut ca sărutarea să pară un simplu moment de noapte de Anul Nou, fără semnificație reală. În plus, episodul a scos „The X-Files” din arcul său serializat, trecând la un format de episod de tip monstru, ceea ce a lăsat fanii să se întrebe dacă această schimbare era intenționată sau doar o reacție la presiunea de a încheia „Millennium”.
În urma acestui eveniment, fanii au considerat episodul un eșec, deoarece nu a adus claritate asupra relației dintre Mulder și Scully și nu a oferit niciun comentariu care să justifice sărutarea. Acest lucru a dus la un sentiment de frustrare, iar fanii au început să se întrebe dacă seria a pierdut din direcția sa inițială. În plus, episodul a fost criticat pentru faptul că a scos „The X-Files” din arcul său serializat, lăsând fanii să se întrebe dacă această schimbare era intenționată sau doar o reacție la presiunea de a încheia „Millennium”.
În spatele scenei, producția a trecut printr-o serie de schimbări majore. În sezonul 6, filmarea a fost mutată din Columbia Britanică în Los Angeles, la cererea lui Duchovny, care dorea să fie mai aproape de familie și să aibă oportunitatea de a lucra la alte proiecte. Această mutare a generat tensiuni între Duchovny și Chris Carter, producătorul executiv al seriei. În același timp, Duchovny a inițiat o acțiune în instanță împotriva 20th Century Fox, susținând că studioul a subevaluat drepturile la „The X-Files”, afectând sever salariul său. Această acțiune a fost soluționată în favoarea lui Duchovny, iar Carter a fost acuzat de a fi știut ce face Fox și nu l-a avertizat. Duchovny a anunțat intenția de a părăsi serialul după sezonul 7, dar a rămas în rol recurent și a revenit la full-time.
După episodul „Millennium”, relația dintre Mulder și Scully a continuat să fie prezentată într-un mod ambiguu. În sezonul 7, episodul „All Things” a deschis cu Mulder și Scully în pat, sugerând că au petrecut noaptea împreună, dar fără comentariu. În revigorarea serialului, această ambiguitate a continuat să fie prezentă, fără a oferi o concluzie clară. În prezent, „The X-Files” este disponibil pe Hulu în Statele Unite și pe PlutoTV, cu reclame, pentru fanii care doresc să reexamineze acest moment controversat.
